הסיפור המתחיל בפרשת השבוע שעבר, "בלק", וממשיך בפרשה הנוכחית, "פינחס", עוסק בקשר המסובך שבין דת, מין וקנאות. בני ישראל, המתקדמים במסעם אל הארץ המובטחת, עובדים את "בעל פעור" – האל הכנעני ששמו בעל, בשבתו במקום בשם פעור. בנימין זומר מסביר בספרו על תפיסות הגוף האלוהי, שבדתות המזרח הקדום יכול היה אל אחד לפצל את אישיותו ולהתגשם בכמה מקומות שונים במקביל, ו"בעל פעור" הוא דוגמה לכך.
משה קורא למנהיגים להרוג את החוטאים, ואז מתרחש האירוע הבא, לתדהמת כולם: "איש מבני ישראל בא, וַיַּקְרֵב אל אֶחָיו את המדיינית לעיני משה ולעיני כל עדת בני ישראל, והמה בוכים פתח אוהל מועד" (במדבר כה, ו). לא ברור מה אופייה המדויק של אותה קרבה, אך הפרשנים זיהו כאן קונוטציה מינית מובהקת. בשלב זה גם איננו יודעים במי בדיוק מדובר: רק בהמשך יתברר כי אין מדובר בפשוטי העם אלא באחד ממנהיגי ישראל ובבתו של אחד ממנהיגי מדיין.
במהלך האירועים המהיר הכתוב אינו מתעכב על הפרטים האלה. אפשר שהסיבה לכך היא שהגבר והאישה הללו מוצגים תחילה בעיניו של פינחס, נכדו של אהרון. כדרכם של קנאים פינחס אינו רואה אינדיבידואלים אלא נציגים: לא את כזבי בת צור וזמרי בן סלוא אלא את "המדיינית" ואת "איש ישראל". אל מול חוסר האונים של המנהיגים הוותיקים, משה ואהרון, פינחס הצעיר נוטל בידו רומח והורג את הישראלי והמדיינית.
בנקודה הזו מתחילה פרשת "פינחס". אלוהים משמיע באוזני משה דברי שבח על המעשה: "פינחס… השיב את חמתי מעל בני ישראל, בקנאו את קנאתי בתוכם, ולא כיליתי את בני ישראל בקנאתי. לכן אמוֹר: הנני נותן לו את בריתי שלום, והייתה לו ולזרעו אחריו ברית כהונת עולם, תחת אשר קינא לאלוהיו, ויכפר על בני ישראל" (שם, יא–יג). במאמרו "זיווגו של האל והולדת הקנאות הדתית" מסביר ישראל קנוהל: "פינחס הוא המוציא לפועל של הקנאה האלוהית – 'בקנאו את קנאתי בתוכם' – ובכך הוא 'מציל' את ה' מלכלות את ישראל בזעם קנאתו". כשכר על המעשה מבטיח אלוהים לפינחס חיי שלווה ומעניק לו ולצאצאיו תפקיד מרכזי בעבודת המקדש.